滥用抗菌药物的危害主要有三点：一是药品自身的不良反应。抗生素进入人体后，在发挥治疗作用的同时，也会引起不良反应，我国药物的不良反应1/3是由抗生素引起的。不良反应的产生几乎涉及身体的每一个系统，如庆大霉素长期使用会造成肾脏损害，四环素大量使用会造成肝脏损害，儿童长期使用还会影响牙齿和骨骼的发育等，抗菌药物产生的不良反应多具有渐进性、积累性，有些一时难以察觉，或使患者病情加重，甚至发生致残或致死。     

      二是使细菌产生耐药性。当药物作用于细菌时，细菌会自卫、防御、反击，结果是其对抗生素产生抵抗力，也就是常说的耐药性。或者说滥用抗菌药物的过程就是培养耐药性细菌的过程。如果滥用抗生素，就有可能到某一天，环境中存在的致病菌都是耐药的，人体感染的都是耐药菌。而细菌产生耐药性的速度远远快于我们新药开发的速度，结果是人类将重新面临很多感染性疾病的威胁。比如引起结核病的结核杆菌在多年前对抗生素很敏感，结核病控制得非常好，但现在耐药菌多了，治疗起来非常棘手，这不但使死亡率增高也增加了治疗成本。     

      三是引起菌群失调。应用抗菌药物（特别是广谱抗生素）在杀灭致病菌的同时，也会对体内的正常菌群产生不同程度的影响。在我们人体的皮肤上、肠道中、鼻咽等部位，存在着许多不同种类的细菌，在正常情况下，相互制约处于一个平衡状态，人体已适应这种状态，不会发生疾病，但当长期使用某种抗生素后，其中的某类细菌被杀死，而另外的细菌在没有制约的情况下，就会大量繁殖、生长，引起菌群失调、二重感染和造成内源性感染（医院感染），增加患者的痛苦和风险。